匯總納稅企業實行“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法。在年度終了后，總機構統一計算匯總納稅企業的年度應納稅所得額、應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補。

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根據《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）第十八條規定，對于按照稅收法律、法規和其他規定，總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后按本辦法第六條規定的比例和按第十五條計算的分攤比例，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出匯總納稅企業的應納所得稅總額，＊后按本辦法第六條規定的比例和按第十五條計算的分攤比例，向總機構和分支機構分攤就地繳納的企業所得稅款。

根據國家稅務總局2012年第57號公告 第六條規定，匯總納稅企業按照《企業所得稅法》規定匯總計算的企業所得稅，包括預繳稅款和匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。

根據國家稅務總局2012年第57號公告 第十五條規定，總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例；三級及以下分支機構，其營業收入、職工薪酬和資產總額統一計入二級分支機構；三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30。

計算公式如下：

某分支機構分攤比例=(該分支機構營業收入/各分支機構營業收入之和)×0.35+(該分支機構職工薪酬/各分支機構職工薪酬之和)×0.35+(該分支機構資產總額/各分支機構資產總額之和)×0.30

分支機構分攤比例按上述方法一經確定后，除出現本辦法第五條第(四)項和第十六條第二、三款情形外，當年不作調整。

根據國家稅務總局2012年第57號公告 第十六條規定，總機構設立具有主體生產經營職能的部門(非本辦法第四條規定的二級分支機構)，且該部門的營業收入、職工薪酬和資產總額與管理職能部門分開核算的，可將該部門視同一個二級分支機構，按本辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅；該部門與管理職能部門的營業收入、職工薪酬和資產總額不能分開核算的，該部門不得視同一個二級分支機構，不得按本辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。

跨地區經營匯總納稅企業甲公司2019年度應納稅所得額為400萬元，總公司位于上海市，另外在重慶有一個分公司A，在上海有一個具有主體生產經營職能的部門B, A分公司和B部門2019年度的三個因素情況如下表所示，其中A分公司適用西部大開發15%稅率優惠政策，同時總機構和B部門適用稅率均為25%。如何計算總公司和分公司分攤就地繳納的企業所得稅款呢？